在南方，蚌埠方面倪嗣冲首先宣布独立。随后河南、浙江、山西、福建、陕西、奉天等省纷纷响应宣布独立。这次北洋各省宣布独立，和以前南方各省宣布独立的性质完全不同；以前是南方各省反对北京政府，这次是北洋军人反对北京政府、以前的北京政府是掌握在北洋军阀大头子的手里，而此时的北京政府只有一个赤手空拳的总统，坐困公府，毫无抵抗力量。
另一方面，下野在天津的段祺瑞却又门庭若市，研究系、交通系以及亲日派纷纷奔走其门。研究系完全倒向段的方面，大批研究系国会议员纷纷辞职离京，汤化龙也辞去了众议院议长，以拆国会的台。段决定在天津组织临时政府，推举徐世昌为陆海军大元帅，一俟独立各省会师北京逐走黎后，即召集临时国会推举徐为临时大总统。关于组织临时政府的问题，段已通电北方各省征求意见，只等回电一到，就要袍笏登场。临时政府阁员名单也已排好，包括研究系、交通系和亲日派各方面人物。徐世昌自己写了就大元帅的电文，打算交段审阅，只因张国淦、钱能训等都主张静观一下，所以才没有交出去。
独立各省纷纷把省长赶走，首先是陕西省长李根源被陈树藩软禁起来，压迫他称病辞职。山西省长孙发绪原是黎一手提拔的，看见黎的地位摇摇欲坠，不惜厚颜无耻地迎合督军团的意见，发表冬电请废止《临时约法》，由各省代表组织制宪会议，在过渡时期推举徐世昌组织临时政府，但是他的地位终于无法保全，这个电报发出不久，就被阎锡山赶走了。
6月4日，李厚基派福州警察厅长、闽海道尹去见省长胡瑞霖，宣布他的手谕说：“现值军事时期，省长一职无设立之必要，请即克日离开”。5日，胡到督军署辞行，李拒而不见，派人致送路费2000元，并以保护为名派兵押解上船。
此外，独立各省普遍有任意扩充军队和扣留国税的现象。张作霖乘机成立了第二十九师，以吴俊升为师长。赵倜把京汉路局的全部收入截留。
在此时期，西南六省纷纷通电反对军人干政，反对解散国会。5月30日，湖南督军谭延闿通电主张调停，淮军老将姜桂题表示附和，并建议邀请冯国璋、张勋、谭延闿等到北京，与王士珍共同组织“调人会议”。孙中山则反对调停，电促西南六省兴师讨逆。国民党系的海军总长程璧光电劝独立各省取消独立，并表明海军始终保障共和的态度。李烈钧由上海到广州，拟率领在粤滇军张开儒、方声涛两师北伐。广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明与李烈钧联名发出通电，发起滇、黔、川、湘、粤、桂六省联盟，并建议公推陆荣廷为盟主，请陆到广东“主持至计”、“遵守《约法》、拥护共和为始终不渝之宗旨”，又请冯国璋“坚持护法之心”。唐继尧通电西南各省，建议在广州组织临时政府，遥戴黎为总统。
督军团宣称独立是“兵谏”，如果黎肯接受他们所提的解散国会、改正宪法、组织健全内阁、摒斥“公府佥壬”四个条件，就可以取消独立，向黎俯首认罪。所谓公府佥壬，不仅指公府军事幕僚处的一批幕僚，还有与黎接近的政客和国会议员在内。他们编造出“三策士”、“四凶”、“五鬼”、“十三暴徒”等名目：三策士指郭同、汪彭年、章士钊；四凶指丁世峄、哈汉章、金永炎、黎澍；五鬼指汤漪、郭同、汪彭年、哈汉章、金永炎；十三暴徒指褚辅成、汤漪、白逾桓、李述膺、何雯、凌钺、彭允彝、吕复、萧晋荣、韩玉辰、秦肃三、焦易堂、邹鲁。其中有些人是被重复排列的；有些人并非与黎接近的人物，所谓十三暴徒都是原属于国民党或与研究系不合作的国会议员。为了便于打击这些人，督军团把他们都列入“公府佥壬”。
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